曼地亚红豆杉从种植开始算，要养三年才能开花，花期在春末，一般4-5月开放。由于它雌雄异株，所以花也分为雌花和雄花，雄花呈圆球形，有花梗，基部上有覆瓦状的苞片，还有6-14枚雄蕊。雌花造型类似，但几乎没有花梗，上面还有直立的胚珠。
