柠檬树在生长期间修剪，主要在夏季花期时进行修剪。柠檬树以轻疏长放为主，保持每年有足够的花量增加产量。修剪上配置副主枝和侧枝，宜对长势旺盛的直立枝梢采用拉、撑的方法，及时涂抹愈伤防腐膜保护伤口，才能多生长开花。
柠檬树要注意控制冬梢，保护春梢的生长，留夏秋的梢生长，修剪后注意拉枝，增加内膛枝的透光性，满足树形树冠的发展要求。
